Khoa Quản lý công nghiệp được thành lập theo Quyết định số 66/QĐ-ĐHKTCN của Hiệu trưởng Trường Đại học Kỹ thuật – Công nghệ Cần Thơ ngày 11 tháng 04 năm 2013. Năm đầu mới thành lập, Khoa Quản lý công nghiệp phụ trách 01 chương trình đào tạo trình độ đại học ngành Kỹ thuật hệ thống công nghiệp. Khoa mở thêm các ngành đào tạo trình độ đại học ngành Quản lý công nghiệp (năm 2014); ngành Logistics và Quản lý chuỗi cung ứng (năm 2019); ngành Quản trị kinh doanh, Tài chính – Ngân hàng, Kế toán (năm 2021) nhằm đáp ứng nhu cầu đào tạo nguồn nhân lực cho thành phố Cần Thơ nói riêng và vùng đồng bằng sông Cửu Long nói chung.

Để phù hợp với các chuyên ngành đào tạo của Khoa, tên Khoa Quản lý công nghiệp đã được đổi thành Khoa Kinh tế – Quản lý công nghiệp theo Quyết định số 839/QĐ-ĐHKTCN của Hiệu trưởng Trường Đại học Kỹ thuật – Công nghệ Cần Thơ ngày 22 tháng 12 năm 2022.